本校於86年8月奉准改制為國立屏東科技大學,本系屬農業科技學院。
本系係於80年8月國立屏東農業專科學校奉准改制為國立屏東技術學院時同時成立。
本系前身係包括前國立屏東農業學校之農藝科及園藝科。
原農藝科成立於民國43年5月,園藝科成立於63年8月。
本系目前招收日間部、四年制二班、進修部四年制各一班、產專班一班。
98學年度開始招收博士班一班(由植科所歸屬之)。
以科技發展熱帶及永續農業,並以農園藝作物生產技術之研究開發為特色。
設立宗旨、傳承、教育、研發及推廣農園藝相關科技,培育符合國家及產業需求、具國際觀之實務及研究專業人才,提供最佳生活環境。