本校於86年8月奉准改制為國立屏東科技大學,本系屬農業科技學院。

本系係於80年8月國立屏東農業專科學校奉准改制為國立屏東技術學院時同時成立。

本系前身係包括前國立屏東農業學校之農藝科及園藝科。

原農藝科成立於民國43年5月,園藝科成立於63年8月。

本系目前招收日間部、四年制二班、進修部四年制各一班、產專班一班。

98學年度開始招收博士班一班(由植科所歸屬之)。